Procedura radioterapii protonowej nowotworów gałki ocznej składa się z kilku etapów. Pierwszy etap realizowany jest w Klinice Okulistyki i Onkologii Okulistycznej Szpitala Uniwersyteckiego w Krakowie, gdzie przeprowadza się szereg badań diagnostycznych, precyzyjnie określa się wielkość i położenie nowotworu, a następnie w trakcie zabiegu operacyjnego naszywa się na twardówkę znaczniki tantalowe konieczne dla pozycjonowania RTG.

Kolejne etapy procedury realizowane są w Instytucie Fizyki Jądrowej PAN w Krakowie, gdzie fizycy we współpracy z zespołem lekarzy i przygotowują pacjenta do napromieniania. Przeprowadza się:

1. Pozycjonowanie pacjenta
2. Planowanie terapii (program Eclipse Ocular Proton Planning firmy Varian Medical Systems)
3. Weryfikacja planu terapii
4. Napromienianie guza wiązka protonów