Radioterapia protonowa jest obecnie bardzo szybko rozwijającą się dziedziną radioterapii. Zgodnie z Rozporządzeniem Ministra Zdrowia z 6 czerwca 2016 roku (Dziennik Ustaw poz. 855), w Polsce refundowane jest leczenie tą metodą następujących typów nowotworów:
1) Nowotwory podstawy czaszki i okolicy okołordzeniowej wieku dorosłego: struniak i chrzęstniakomięsak, kod ICD-10: C41 (stan po niedoszczętnym leczeniu operacyjnym lub brak możliwości leczenia operacyjnego guza pierwotnego lub wznowy) oraz mięsaki tkanek miękkich i kości wieku dziecięcego, kod ICD-10: C41 i C49 (przypadki o lokalizacji okołooponowej, podstawy czaszki i okolicy okołooponowej).
2) Nowotwory zatok obocznych nosa: czerniak złośliwy, nerwiak węchowy zarodkowy, rak gruczołowo-torbielowy, rak śluzowo-naskórkowy, rak niezróżnicowany, kody ICD-10: C30, C31 (stan po niedoszczętnym leczeniu operacyjnym lub brak możliwości leczenia operacyjnego guza pierwotnego lub wznowy).
3) Nowotwory wieku dziecięcego wymagające napromieniowania osi mózgowo-rdzeniowej, kody ICD-10: C-71 (nowotwory zarodkowe: rdzeniak płodowy i inne PNET, szyszyniak zarodkowy, złośliwy wyściółczak z udokumentowanym rozsiewem do płynu mózgowo-rdzeniowego, rak splotu naczyniówkowego).
4) Wysoko zróżnicowane glejaki (WHO G1 i G2) ICD: C71 (przypadki wymagające radioterapii o przewidywanej znacznej korzyści oszczędzenia narządów krytycznych w stosunku do radioterapii fotonowej).
Na podstawie Rozporządzenia Ministra Zdrowia z dnia 9 stycznia 2019 r. (Dz.U. z 2019 r. poz. 77):
5) nowotwory wieku dziecięcego podstawy czaszki i okolicy okołordzeniowej: struniak lub chrzęstniako-mięsak (ICD-10: C41),
6) nowotwory wieku dorosłego o lokalizacji okołooponowej, podstawy czaszki i okolicy przykręgosłupowej: mięsaki tkanek miękkich i kości (ICD-10: C41 lub C49),
7) rak gruczołowo-torbielowaty gruczołów ślinowych (ICD-10: C06) wymagający radioterapii w okolicy podstawy czaszki – stan po leczeniu operacyjnym i brak możliwości leczenia operacyjnego guza pierwotnego lub wznowy,
8) nawrót miejscowy nowotworów obszaru głowy i szyi po radykalnej radioterapii wymagający ponownego napromieniania z intencją radykalną (ICD-10: C07, C08, C09, C10, C11).
Na podstawie Rozporządzenia Ministra Zdrowia z dnia 3 stycznia 2023 r. zmieniającym rozporządzenie w sprawie świadczeń gwarantowanych z zakresu leczenia szpitalnego (Dz.U.2023.80 z dnia 2023.01.11):
9) czaszkogardlaki dzieci i dorosłych - stan po niedoszczętnym leczeniu operacyjnym lub brak możliwości leczenia operacyjnego guza pierwotnego lub wznowy (ICD-10: C75.2),
10) mięsaki oczodołu dzieci i dorosłych - stan po niedoszczętnym leczeniu operacyjnym lub brak możliwości leczenia operacyjnego guza pierwotnego lub wznowy (ICD-10: C69.6),
11) chłoniaki oczodołu dzieci i dorosłych wymagające konsolidacyjnej radioterapii w przebiegu leczenia onkologicznego (ICD-10: C69.6),
12) oponiaki mózgu i rdzenia kręgowego dzieci, stopień WHO I i II - stan po niedoszczętnym leczeniu operacyjnym lub brak możliwości leczenia operacyjnego guza pierwotnego lub wznowy (ICD-10: C70.0, C70.1, C70.9),
13) gruczolaki przysadki mózgowej dzieci i dorosłych - stan po niedoszczętnym leczeniu operacyjnym lub brak możliwości leczenia operacyjnego guza pierwotnego lub wznowy (ICD-10: C75.1),
14) nowotwory przewodu słuchowego zewnętrznego i ucha środkowego dzieci i dorosłych - stan po niedoszczętnym leczeniu operacyjnym lub brak możliwości leczenia operacyjnego guza pierwotnego lub wznowy (ICD-10: C30.1, C43.2),
15) chłoniak Hodgkina lub chłoniaki nieziarnicze dzieci i dorosłych do 40. roku życia wymagające napromieniania śródpiersia (ICD-10: C30-C39),
16) nowotwory złośliwe dzieci i wieku dorosłego do 40. roku życia, o różnej histopatologii, wywodzące się z jamy nosowej, zatok przynosowych lub gardła, naciekające naturalne otwory i/lub kości podstawy czaszki - rozpoznanie na podstawie badania MR głowy i szyi (ICD-10: C06.8, C06.9, C07, C08, C09, C10, C11, C14, C30, C31, C39.0, C72, C49.0, C41.0).
W wielu ośrodkach zagranicznych prowadzone są obecnie badania kliniczne w zakresie skuteczności radioterapii protonowej dla praktycznie wszystkich lokalizacji zmian nowotworowych.